Theo Quyết định số 1896/QĐ-TTg, Viện Khoa học tài nguyên nước được thành lập trên cơ sở phát triển các đơn vị liên quan thuộc Cục Quản lý tài nguyên nước và Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia với nguồn nhân lực sẵn có và bổ sung thêm một số bộ phận, cán bộ chuyên môn từ các cơ quan, viện nghiên cứu trong Bộ gồm: Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, Tổng cục Môi trường, Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu, Viện Chiến lược, Chính sách tài nguyên và môi trường, Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia, Viện Khoa học Địa chất và Khoáng sản.
