Theo Công ty thoát nước Hà Nội, do lượng mưa lớn đột biến vượt quá khả năng của hệ thống, cùng với ảnh hưởng của các công trình hạ tầng kỹ thuật đang thi công như mương Vĩnh Tuy, mương Thụy Khuê, mương Nghĩa Đô, mương Tây Sơn, mương Trắng Chẹm, mương Y Khoa, mương Phương Mai, mương/hồ Tân Mai, (mương N1, mương N2 lưu vực Ba Xã)… nên tại thời điểm 6h00 ngày 25/5/2016 đã xảy ra úng ngập tại Trần Bình, Phan Văn Trường, Hoàng Quốc Việt (trước ĐH Điện lực), Phạm Văn Đồng (trước Công ty Cầu 7, ngã Xuân Đỉnh – Tân Xuân), ngã ba Dương Đình Nghệ – Nam Trung Yên, Hoa Bằng, Đội Cấn, Mạc Thị Bưởi, Minh Khai (chân cầu Vĩnh Tuy), Hoàng Mai, Nguyễn Chính, Thanh Đàm, ngã tư Huỳnh Thúc Kháng – Nguyên Hồng, Định Công, Thái Thịnh (trước viện Châm cứu), Trường Chinh (từ Viện Y học Hàng không đến Tôn Thất Tùng), Quan Nhân, Vũ Trọng Phung, Nguyễn Huy Tưởng, Cự Lộc, Nguyễn Trãi (trước ĐH Khoa học nhân văn và trước số nhà 497), Triều Khúc… với mức độ từ 0,2m đến 0,5m.
Theo phương án thoát nước mùa mưa năm 2016, Công ty đã chủ động giữ mực nước trên toàn hệ thống mương, sông, hồ ở mức thấp nên nước thoát nhanh. Công tác tổ chức ứng trực đã được Công ty triển khai, lực lượng ứng trực tại hiện trường thực hiện công tác tua vớt rác tại miệng thu hàm ếch, khơi thông dòng chảy. Các dàn thiết bị cơ giới đã thực hiện ứng trực để kịp thời hỗ trợ thông tắc tại các vị trí được phân công. Các cửa phai hồ Thành Công, Giảng Võ, Bảy Mẫu, Đống Đa… đã được mở để điều hoà nước. Trạm bơm Yên Sở, trạm bơm Đồng Bông I, Đồng Bông II và các trạm bơm cục bộ khác liên tục vận hành để hạ mực nước trên hệ thống. Công ty đã bố trí nhân lực, thiết bị phối hợp với các Nhà thầu có công trình thi công trên hệ thống thanh thải dòng chảy nhằm hạn chế mức độ ảnh hưởng đến khả năng thoát nước.
Hiện nay, trên địa bàn Hà Nội đã ngừng mưa, Công ty vẫn bố trí công tác ứng trực thu gom rác trước ga thu, vệ sinh mặt đường và vận hành các trạm bơm để hạ mực nước trên hệ thống chủ động đối phó với trận mưa tiếp theo.