Chất lượng nước tại hầu hết các điểm trên hệ thống thủy lợi Tả Trạch đạt mức tốt, đủ điều kiện phục vụ sản xuất nông nghiệp. Một số vị trí có chỉ tiêu ô nhiễm vượt ngưỡng cần được giám sát chặt chẽ.
Theo thống kê, Thừa Thiên Huế hiện có 82,6% chợ chưa có hệ thống thu gom và xử lý nước thải; 17,4% có hệ thống thu gom và thoát nước nhưng chưa đồng bộ, tức là chỉ có khả năng thoát nước thải, chưa được đầu tư hệ thống xử lý nước thải.