Việc duy trì mực nước thượng lưu ở cao trình từ +1,00 m đến +1,33 m tại đập ngăn mặn sông Cái Nha Trang được xác định là nguyên nhân trực tiếp dẫn đến tình trạng ngập úng tại một số khu vực ven sông và đất sản xuất nông nghiệp. Các cơ quan chức năng đang rà soát, tính toán để điều chỉnh quy trình vận hành, bảo đảm hài hòa giữa yêu cầu ngăn mặn, giữ ngọt, cấp nước và phòng, chống ngập úng.