Nước thải của quá trình sản xuất tại làng nghề không được thu gom xử lý mà độ trực tiếp ra hệ thống kênh mương thuỷ lợi, đặc biệt là nước thải của cụm làng nghề giấy Phong Khê, Phú Lâm, làng nghề sắt thép, đúc đồng Đa Hội với mức độ ô nhiễm cao, cùng với dòng chảy kiệt nên vào mùa khô không thể lấy nước vào kênh phục vụ tưới sản xuất nông nghiệp.
