Trung tâm được thành lập trên cơ sở hợp nhất Trung tâm Điều tra, Quy hoạch và Định giá đất (thuộc Cục Quản lý đất đai) và Trung tâm Phát triển và Ứng dụng khoa học công nghệ về đất đai (thuộc Viện Chiến lược, Chính sách nông nghiệp và môi trường), chính thức đi vào hoạt động từ ngày 1/1/2026.
