Khu neo đậu tránh, trú bão đảo Cồn Cỏ hiện nay, có quy mô nhỏ khoảng 3 ha, chỉ có thể tiếp nhận tàu công suất dưới 300 CV, với sức chứa tối đa 200 tàu, nên thường xuyên bị quá tải khi có tàu vào tránh trú bão. Bên cạnh đó, khu neo đậu này nằm ở ven đảo ngoài khơi tại khu vực biển hở, chịu ảnh hưởng rất lớn từ sóng gió, dòng chảy nên nhiều hạng mục hay bị hư hỏng.
