Trong sữa đậu nành sống có chứa chất ức chế men Trypsin, saponin và một số chất không có lợi khác. Nếu uống sữa đậu nành sống hoặc không được đun sôi kỹ sẽ gây ra buồn nôn, nôn, đau bụng đi ngoài,…thậm chí ngộ độc. Vì thế nhất định phải đun sôi sữa đậu nành trước khi uống.