Hệ thống đăng ký quốc gia là đầu mối duy nhất để các cơ quan, tổ chức thực hiện nghĩa vụ tuân thủ hạn ngạch phát thải khí nhà kính với cơ quan quản lý nhà nước. Trong giai đoạn đầu thí điểm thị trường các-bon, cơ chế này được thiết kế theo hướng vừa bảo đảm yêu cầu giảm phát thải, vừa tạo dư địa để doanh nghiệp chủ động xử lý phần thiếu hụt hạn ngạch.