Ngoài 2 hệ thống xử lý nước thải tại cụm công nghiệp Ngọc Hồi và làng nghề Tân Triều, huyện Thanh Trì còn có 59 hệ thống xử lý nước thải đô thị tập trung được UBND TP cấp phép. Nhưng với tốc độ phát triển kinh tế, đô thị hóa như hiện nay, công tác thu gom, xử lý nước thải tại cụm công nghiệp và làng nghề ở đây vẫn là bài toán nan giải.