Chuyến thăm đầu tiên diễn ra vào năm 2006, khi ông vừa nhậm chức thủ tướng nhiệm kỳ đầu tiên lúc 52 tuổi và được đánh giá là thủ tướng trẻ nhất của Nhật Bản trong thời kỳ hậu chiến. Đầu tiên là chuyến thăm của Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng tới Nhật Bản khi ngài Abe Shinzo vừa mới nhậm chức. Thủ tướng hai nước đã có cuộc hội đàm tại Tokyo, hai bên đã ra tuyên bố chung "Hướng tới quan hệ đối tác chiến lược". Hai tháng sau kể từ khi nhậm chức, Thủ tướng Abe Shinzo đã có chuyến thăm chính thức đầu tiên tại Việt Nam và tham dự Hội nghị cấp cao APEC lần thứ 14 được tổ chức tại Hà Nội. Đây là chuyến thăm nước ngoài đầu tiên của ngài Shinzo Abe sau khi đắc cử.
Đến năm 2012 ông Abe Shinzo một lần nữa trở thành Thủ tướng Nhật Bản. Trong nhiệm kỳ thứ hai này ngài Abe Shinzo lại một lần nữa chọn Việt Nam là quốc gia đầu tiên trong chuyến công du 3 nước Đông Nam Á gồm Việt Nam, Thái Lan và Indonesia sau khi tái đắc cử trên cương vị Thủ tướng Nhật Bản (1/2013).
Năm 2014 khi Chủ tịch nước Trương Tấn Sang thăm Nhật Bản, Chủ tịch nước Trương Tấn Sang và Thủ tướng Abe Shinzo đã ký tuyên bố chung nâng cấp Quan hệ Đối tác Chiến lược Việt Nam - Nhật Bản lên một tầm cao mới thành "Quan hệ Đối tác Chiến lược sâu rộng vì Hòa bình và Phồn vinh ở Châu Á". Đánh dấu mốc lịch sử quan trọng trong quan hệ hai nước.
Dưới sự lãnh đạo của Thủ tướng Abe Shinzo, Nhật Bản phối hợp rất tốt với Việt Nam trên các điễn đàn đa phương. Khi Nhật Bản đăng cai tổ chức hội nghị thượng đỉnh G7 mở rộng năm 2016 và hội nghị thượng đỉnh G20 năm 2019, Thủ tướng Abe Shinzo đều mời lãnh đạo Việt Nam tham dự. Lịch sử 42 năm, lần đầu tiên Việt Nam được mời tham dự Hội nghị G7 mở rộng. Điều đó thể hiện các thành viên G7, đặc biệt là Nhật Bản, đánh giá cao thành tựu kinh tế - xã hội của Việt Nam, vai trò của Việt Nam trong các vấn đề khu vực và thế giới. Điều này thể hiện tình cảm rất đặc biệt của Thủ tướng Abe Shinzo đối với Việt Nam.
Ngày 16/1/2017, Thủ tướng Nhật Bản cùng phái đoàn tháp tùng ông tới Hà Nội trong chuyến thăm chính thức hai ngày.Trong chuyến thăm, Thủ tướng Abe cam kết tiếp tục hỗ trợ Việt Nam phát triển kinh tế - xã hội thông qua nguồn vốn ODA cũng như thúc đẩy hợp tác các dự án cơ sở hạ tầng chất lượng cao, cung cấp thêm khoản ODA vốn vay trong năm tài khóa 2016 cho Việt Nam trị giá khoảng 123 tỷ yen (1,05 tỷ USD).
Tháng 11/2017, ông Abe có chuyến thăm Việt Nam lần thứ hai trong năm để tham dự hội nghị APEC tại Đà Nẵng.
Nguyên Thứ trưởng Bộ Ngoại giao, nguyên Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản Nguyễn Phú Bình cho rằng quan hệ giữa hai nước Việt Nam và Nhật Bản phát triển mạnh mẽ và toàn diện trong thời gian qua là nhờ sự đóng góp to lớn của Thủ tướng Abe Shinzo. Ông là người có thời gian cầm quyền lâu nhất trong lịch sử của Nhật Bản, với bốn nhiệm kỳ khoảng gần 8 năm từ tháng 12/2012 đến tháng 9/2020 và trước đó từ 2006 – 2007. Ông có mối quan hệ rất thân thiết với lãnh đạo Việt Nam và dành tình cảm đặc biệt cho đất nước Việt Nam.