Phó thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành làm Chủ tịch hội đồng. Ngoài ra, thành viên Hội đồng còn có đại diện lãnh đạo các Viện: Viện Kinh tế và Quy hoạch Thủy sản; Viện Nghiên cứu Hải sản; Viện Quy hoạch Thủy lợi và một số thành viên là Ủy viên phản biện.
Cơ quan thường trực của Hội đồng là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Trách nhiệm và quyền hạn của Cơ quan thường trực Hội đồng quy hoạch thực hiện theo quy định tại Điều 34 Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 07 tháng 5 năm 2019 của Chính phủ.
Hội đồng thẩm định có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Quy hoạch cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 theo quy định của pháp luật về quy hoạch.
Hội đồng hoạt động theo hình thức kiêm nhiệm; chấm dứt hoạt động và tự giải thể sau khi Quy hoạch cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.