Theo đó, hàng năm, tiến hành sơ, tổng kết kết quả thực hiện đề án và kịp thời đề xuất, kiến nghị trình UBND tỉnh quyết định những vấn đề phát sinh, khó khăn trong quá trình triển khai thực hiện đề án. Chủ trì, phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường tổ chức các hoạt động nhằm nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường trong sản xuất thủy sản; tăng cường thực thi chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường trong các hoạt động thủy sản. Xây dựng cơ chế phòng ngừa, chủ động ứng phó sự cố môi trường trong hoạt động thủy sản; điều tra đánh giá nguồn ô nhiễm, lượng chất thải từ các hoạt động sản xuất thủy sản và đề xuất giải pháp quản lý; điều tra, đánh giá, kiểm kê nguồn lợi tự nhiên thủy sản phục vụ phát triển kinh tế - xã hội.
Ứng dụng công nghệ viễn thám GIS, 4.0 vào hệ thống quan trắc, cảnh báo; thực hiện quan trắc môi trường tự động phục vụ quản lý ngành thủy sản. Điều tra, đánh giá thực trạng công nghệ, áp dụng công nghệ trong xử lý chất thải trong nuôi trồng thủy sản, khai thác thủy sản, chế biến thủy sản và đề xuất các giải pháp công nghệ xử lý chất thải trong sản xuất thủy sản.
Phối hợp với các đơn vị trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng kế hoạch quản lý môi trường, kiểm soát chất thải từ các hoạt động thủy sản trên địa bàn tỉnh Bến Tre; xây dựng các mô hình kiểm soát chất thải từ các hoạt động thủy sản; mô hình kinh tế tuần hoàn trong chuỗi liên kết sản xuất, chế biến, tiêu thụ thủy sản tại địa phương. Chủ động tham mưu lồng ghép các mục tiêu, nhiệm vụ của đề án vào kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội hàng năm của tỉnh; lồng ghép vào các chương trình, dự án, đề án có liên quan do Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện.
Đồng thời, nghiên cứu tham mưu cơ chế, chính sách khuyến khích khai thác, sử dụng, đầu tư, duy trì phát triển nguồn lợi tự nhiên thủy sản; huy động, xã hội hóa nguồn lực trong bảo vệ môi trường thủy sản; tham mưu rà soát, bổ sung các chính sách mang tính đặc thù của môi trường thủy sản để thúc đẩy các mô hình xanh, sạch, kinh tế tuần hoàn trong hoạt động thủy sản. Xây dựng, cập nhật, vận hành cơ sở dữ liệu môi trường ngành thủy sản.