Dù lượng nước điều tiết từ các hồ chứa xuống hạ du rất lớn, hiệu quả khai thác và sử dụng vẫn chưa tương xứng. Sự thiếu đồng bộ giữa vận hành thủy điện và hệ thống thủy lợi, hạn chế về hạ tầng cùng những bất cập trong phối hợp đang đặt ra yêu cầu đổi mới phương thức điều hòa, phân phối nguồn nước, đặc biệt trong mùa cạn.