Trong 35 nhà máy xử lý nước thải thì chỉ có 5 nhà máy có công nghệ xử lý sinh học, 15 nhà máy có công nghệ xử lý sinh học bậc 2, 8 nhà máy xử lý sinh học bậc 2 kết hợp xử lý Ni tơ và chỉ có 7 nhà máy xử lý sinh học kết hợp xử lý Ni tơ, Phốt pho triệt để.
Đa số các nhà máy xử lý nước thải chỉ loại bỏ chất hữu cơ và vi sinh vật gây bệnh mà chưa chú trọng đến vấn đề xử lý Nitơ, Phốt pho trong nước thải. Nhiều trường hợp các nhà máy xử lý nước thải được thiết kế và vận hành không phù hợp với đặc tính nước thải thực tế, dẫn tới giảm hiệu quả bảo vệ môi trường, giảm hiệu quả đầu tư.
