Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Hải Dương đã xác định 3 nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn nước hệ thống Bắc Hưng Hải trên địa bàn. Đó là nước thải từ khu vực thượng nguồn thuộc TP Hà Nội và Hưng Yên, nhất là nguồn nước ô nhiễm từ kênh Cầu Bây đổ ra sông Kim Sơn. Nước thải của cơ sở sản xuất, kinh doanh, bệnh viện, làng nghề và nước thải dân sinh trong lưu vực tại tỉnh Hải Dương xả thải trực tiếp hoặc gián tiếp vào hệ thống.
Theo thống kê sơ bộ, trên địa bàn tỉnh Hải Dương có 532 điểm xả thải nhưng mới có 125 điểm được cấp phép. Ô nhiễm còn do suy kiệt nguồn nước từ tháng 12 đến tháng 4 năm sau nên phải giữ nước phục vụ tưới, không có điều kiện thay nước toàn hệ thống.
Để giải quyết tình trạng ô nhiễm nguồn nước trong hệ thống Bắc Hưng Hải, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị UBND tỉnh chỉ đạo ưu tiên vốn cho các dự án thu gom nước thải tại khu vực chưa có trạm xử lý nước thải. Đầu tư xây dựng, cải tạo một số cống như Văn Thai, Tiên Kiều, Đò Neo, Lạc Dục, Cổ Ngựa… nhằm tăng cường khả năng lấy nước và nâng cao năng lực tiêu thoát nước thau rửa hệ thống…
Hệ thống đại thủy nông Bắc Hưng Hải là công trình thủy lợi lớn nhất miền Bắc, phục vụ sản xuất nông nghiệp cho 11.000 ha đất canh tác; tạo nguồn cấp nước phục vụ chăn nuôi và sinh hoạt hàng triệu người dân ở nhiều tỉnh thành như Hà Nội, Bắc Ninh, Hưng Yên, Hải Dương… Từ đó, góp phần quan trọng để giảm thiểu ô nhiễm, cạn kiệt nguồn nước và cải thiện môi trường sinh thái. Tuy nhiên, tình trạng xả thải ô nhiễm nguồn nước hệ thống thủy lợi này đang diễn ra ngày càng nghiêm trọng, hủy hoại môi trường dòng sông và đe dọa trực tiếp đến sinh kế của người dân.
Theo kết quả quan trắc của Viện nước Tưới tiêu và môi trường trong năm 2021, lấy mẫu tại 10 điểm trên kênh trục Bắc Hưng Hải, tất cả đều bị ô nhiễm. Trong đó nhiều vị trí cống xả ô nhiễm đặc biệt nghiêm trọng.
Để ngăn chặn hoạt động xả thải bẩn ra hệ thống Bắc Hưng Hải, thời gian qua, thực hiện chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Công an, Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường đã đồng loạt phối hợp với cơ quan công an thuộc 4 địa phương, thực hiện nhiều cuộc truy quét, kiểm tra xử lý hàng loạt trường hợp xả thải vi phạm.