Theo đó, Thông tư quy định hình thức kiểm tra theo kế hoạch và kiểm tra đột xuất. Trong đó, kiểm tra theo kế hoạch bao gồm kế hoạch kiểm tra của các Bộ: Tài nguyên và Môi trường, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương, Xây dựng, Y tế và kế hoạch kiểm tra của UBND cấp tỉnh.
Kiểm tra đột xuất được tiến hành khi có một trong các căn cứ sau: Có chỉ đạo của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền; khi phát hiện tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật về tài nguyên nước qua thông tin, số liệu quan trắc, giám sát, báo cáo của tổ chức, cá nhân; khi phát hiện dấu hiệu vi phạm gây suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm nguồn nước; sụt, lún đất; gây lũ nhân tạo đột ngột, bất thường ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động sản xuất và sinh hoạt của nhân dân.
Kiểm tra đột xuất cũng được tiến hành khi có phản ánh, kiến nghị của cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan; các phương tiện truyền thông, thông tin và các nguồn thông tin khác.
Theo Thông tư, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường được giao chủ trì, phối hợp với Cục Quản lý tài nguyên nước xây dựng kế hoạch kiểm tra trong lĩnh vực tài nguyên nước, tổng hợp vào kế hoạch kiểm tra hàng năm của Bộ để trình Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt.
Cục Quản lý tài nguyên nước xem xét, quyết định việc thành lập đoàn kiểm tra đột xuất và báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Tùy thuộc vào mức độ của dấu hiệu vi phạm để đảm bảo ngăn chặn kịp thời, giảm thiểu tác hại, hậu quả, Cục Quản lý tài nguyên nước gửi văn bản đề nghị Sở Tài nguyên và Môi trường (nơi có đối tượng cần kiểm tra đột xuất), tổ chức thực hiện kiểm tra và báo cáo kết quả kiểm tra về Cục.
Hàng năm, khi tiến hành hoạt động kiểm tra theo quy định, nếu phát hiện chồng chéo, trùng lặp, các cơ quan được giao kiểm tra phối hợp để xử lý theo quy định.
Thông tư 04/2024 nhấn mạnh, việc xử lý chồng chéo này bảo đảm một nội dung hoạt động của tổ chức, cá nhân chỉ là đối tượng của một cơ quan thanh tra hoặc cơ quan kiểm tra.
Tại thông tư cũng quy định cụ thể việc tổ chức thực hiện một cuộc kiểm tra và xử lý kết quả kiểm tra. Trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân trong kiểm tra việc chấp hành pháp luật về tài nguyên nước; thẩm định và nghiệm thu kết quả hoạt động điều tra cơ bản tài nguyên nước.