Nguyên nhân là trong hai ngày 12 và 13/8, một số nhà máy thủy điện trên lưu vực sông Vu Gia chưa được vận hành đúng quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn cũng như yêu cầu của UBND tỉnh Quảng Nam tại Công văn số 5321/UBND-KTN ngày 10/8 về việc tăng cường vận hành xả nước qua phát điện phục vụ chống hạn và xâm nhập mặn vùng hạ du sông Vu Gia - Thu Bồn.
Trước tình hình trên và sự dao động mực nước sông Yên đến 0,6m, vào ngày 13/8, ngay khi độ mặn của sông Cẩm Lệ tại cửa thu nước thô vào Nhà máy nước Cầu Đỏ giảm xuống dưới 500mg/l, Công ty TNHH MTV Khai thác thủy lợi Đà Nẵng đã đóng kín cửa van của đập dâng An Trạch, chỉ cho nước chảy qua ngưỡng tràn ở cao trình 2m, nhằm phối hợp với tỉnh Quảng Nam trữ nước tại hệ thống đập dâng An Trạch.
Đồng thời, nâng mực nước sông Yên và sông Lạc Thành, làm tăng dòng chảy về nhánh sông La Thọ và đập dâng Thanh Quýt, phục vụ vận hành các trạm bơm chống hạn cho 1.200ha lúa hè thu đang trổ bông tại thị xã Điện Bàn (tỉnh Quảng Nam), trong đó có nhiều thửa ruộng lúa đã thiếu nước tưới nhiều ngày, mặt đất khô, nứt nẻ, nguy cơ lúa lép hạt, mất mùa.