Mục tiêu tổng quát đến năm 2030 bảo vệ, bảo tồn, phát triển nguồn lợi thủy sản trên các loại hình thủy vực và bảo tồn đa dạng sinh học biển góp phần thực hiện mục tiêu Nghị quyết số 36-NQ/TW ngày 22/10/2018 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XII về Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045; phát triển khai thác thủy sản bền vững, có trách nhiệm, phù hợp với yêu cầu hội nhập quốc tế; bảo vệ môi trường, thích ứng với biến đổi khí hậu, chủ động phòng, chống thiên tai; góp phần nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của người dân, bảo đảm an sinh xã hội, bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán, an ninh, trật tự và lợi ích quốc gia trên sông, trên biển của Việt Nam.
Đối với bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản, Quy hoạch đặt mục tiêu: 27 khu bảo tồn biển được thành lập và hoạt động hiệu quả với tổng diện tích vùng biển được khoanh vùng bảo tồn khoảng 463.587 ha, chiếm khoảng 0,463% diện tích tự nhiên vùng biển quốc gia (các vùng biển thuộc quyền tài phán quốc gia). 149 khu vực ở vùng biển (59 khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, 63 khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, 27 khu vực cư trú nhân tạo cho các loài thủy sản) và 119 khu vực nội địa (66 khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, 53 khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn) được khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ khu vực tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sinh sống của các loài thủy sản.
Đối với khai thác thủy sản phấn đấu tổng số tàu cá tối đa khoảng 83.600 chiếc. Cơ cấu nghề khai thác thủy sản như sau: Nghề lưới kéo chiếm 10,0%; nghề lưới vây chiếm 6,1%; nghề lưới rê chiếm 40,3%; nghề câu chiếm 18,9%; nghề lưới chụp chiếm 3,0%; nghề lồng bẫy chiếm 2,9%...
Đến năm 2050, Việt Nam trở thành quốc gia có nghề cá phát triển bền vững, hiện đại, tương đương với các nước có nghề cá phát triển trong khu vực và trên thế giới; đa dạng sinh học biển và các thủy vực nội địa được bảo tồn và phát triển; đời sống vật chất, tinh thần của người dân được nâng cao; góp phần bảo đảm an sinh xã hội; bảo vệ chủ quyền, an ninh, trật tự và lợi ích quốc gia trên sông, trên biển của Việt Nam.
Định hướng về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản là: Phục hồi nguồn lợi thủy sản đặc biệt các loài thủy sản có giá trị kinh tế, loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm, loài thủy sản đặc hữu; tăng cường công tác quản lý, đánh giá, bảo tồn, bảo vệ và tái tạo nguồn lợi thủy sản trên các loại hình thủy vực ở vùng nội địa và vùng biển.
Tăng quy mô, diện tích các khu vực biển được bảo tồn và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; thành lập mới và tổ chức quản lý hiệu quả các khu bảo tồn biển; gắn bảo tồn với phát triển du dịch sinh thái biển, góp phần bảo vệ, sử dụng bền vững hệ sinh thái biển và các nguồn tài nguyên biển; bảo vệ không gian di tích lịch sử, văn hóa, danh lam thắng cảnh được xếp hạng, phát triển kinh tế du lịch biển.
Xác định các khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn là khu vực thủy sản tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sinh sống; hình thành khu vực cư trú nhân tạo cho loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm, loài thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học, loài thủy sản bản địa, loài thủy sản đặc hữu trên các vùng biển.
Định hướng quy hoạch khai thác thủy sản: Giảm dần sản lượng thủy sản khai thác, điều chỉnh tỷ trọng sản lượng khai thác giữa các vùng biển, phù hợp với trữ lượng nguồn lợi thủy sản; khai thác có chọn lọc các đối tượng thủy sản có giá trị kinh tế cao.
Điều chỉnh số lượng tàu cá khai thác thủy sản, chuyển đổi cơ cấu nghề khai thác thủy sản ở các thủy vực vùng nội địa, vùng biển phù hợp với khả năng cho phép khai thác của nguồn lợi thủy sản, đặc biệt giảm tỷ trọng nghề lưới kéo trên biển; gắn phát triển sinh kế của cộng đồng ngư dân với phát triển nuôi trồng thủy sản, du lịch sinh thái, nghề cá giải trí.
Củng cố, đổi mới các tổ, đội, hợp tác xã, nghiệp đoàn nghề cá; tổ chức sản xuất thủy sản khai thác theo chuỗi giá trị, chú trọng tăng về giá trị sản xuất. Đến năm 2030, khoảng 80% tàu cá khai thác thủy sản ở vùng lộng và vùng khơi tham gia chuỗi liên kết sản xuất trên biển...