Nguyên nhân là do ảnh hưởng của hiện tượng El Nino, lưu vực sông MêKông thiếu hụt mưa cộng với việc các đập thủy điện thượng nguồn tích nước đã khiến mực nước sông MêKông đang ở mức thấp so với trung bình nhiều năm.
Dự báo trong thời gian tới, tổng lượng mưa trên toàn lưu vực sông MêKông vẫn ít hơn so với trung bình nhiều năm từ 20-22%. Vì vậy, các chuyên gia nhận định, lũ ở đồng bằng sông Cửu Long năm nay sẽ ở mức dưới báo động 1 đến báo động 1, lũ rất nhỏ. Thời gian xuất hiện cuối tháng 9, đầu tháng 10.
Lũ thấp, dự báo mùa mưa lại kết thúc sớm, đồng bằng sông Cửu Long sẽ đối mặt nhiều nguy cơ như thiếu phù sa và cát dẫn đến gia tăng tình trạng sạt lở bờ sông, bờ biển, sụt lún mặt đất. Nguồn lợi thủy sản suy giảm mạnh. Thiếu nước ngọt cho sản xuất nông nghiệp trong mùa hạn mặn sắp tới.