Hiện nay, cả nước có 6 Ban quản lý Khu bảo tồn biển (BQL KBTB) và 5 Ban quản lý Vườn quốc gia có quản lý hợp phần biển. Tất cả các Ban quản lý trên trực thuộc quản lý của địa phương với 3 hình thức tổ chức bộ máy khác nhau.
Cụ thể là Ban quản lý trực thuộc UBND cấp tỉnh; Ban quản lý trực thuộc Sở NN-PTNT; Ban quản lý trực thuộc UBND cấp huyện, thành phố. Về khía cạnh chuyên môn, các BQL KBTB hiện nay đang có sự bất cập nhất định trong công tác chỉ đạo điều hành.
Cụ thể, với các BQL trực thuộc UBND cấp huyện (Bạch Long Vĩ, Cù Lao Chàm), việc chỉ đạo chuyên môn của Sở NN-PTNT sẽ thiếu tính kịp thời hơn so với BQL trực thuộc Sở NNPTNT, thẩm quyền và hiệu quả quản lý không cao.
Hay ví như đối với Phòng Bảo tồn của Ban Quản lý Vịnh Nha Trang trực thuộc UBND thành phố Nha Trang, chưa đủ thẩm quyền để tham mưu kịp thời trong việc quản lý khu bảo tồn biển, trong khi đó về chuyên môn chịu sự quản lý của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Khánh Hoà.
Mặt khác, Ban Quản lý/Vườn Quốc gia là đơn vị sự nghiệp có thu, không có thẩm quyền và chức năng để xử lý vi phạm pháp luật mà phải phối hợp với các lực chức năng khác (Biên phòng, Cảnh sát môi trường) để xử lý nên không kịp thời và gặp khó khăn trong quá trình xử lý vi phạm pháp luật liên quan đến bảo tồn biển.
Bên cạnh đó là khó khăn về nhân sự, số lượng biên chế làm công tác bảo tồn biển hiện nay tại BQL khoảng 120 người, bình quân mỗi KBTB/VQG có hợp phần biển có từ 7 - 10 biên chế làm công tác bảo tồn biển. Với nguồn nhân lực như hiện tại khó đáp ứng yêu cầu quản lý.
Chưa kể khó khăn về cơ sở vật chất và tài chính, làm ảnh hưởng rất lớn hiệu quả công tác quản lý, kiểm tra, giám sát, thực thi luật pháp, công tác cứu hộ trong phạm vi quản lý của KBTB.
Trước thực trạng trên sẽ cần nhiều giải pháp đồng bộ, đầu tiên vẫn là hoàn thiện cơ chế, chính sách. Trong đó, rà soát, sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện các quy định pháp luật về quản lý khu bảo tồn biển, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển, khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, khu vực cấm khai thác thuỷ sản có thời hạn.
Xây dựng cơ chế, chính sách phục vụ công tác quản lý và phát triển bền vững, hiệu quả hệ thống khu bảo tồn biển, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển.
Tạo hành lang pháp lý minh bạch, điều kiện thuận lợi để huy động các nguồn lực trong nước, ngoài nước đầu tư hạ tầng, phát triển khoa học công nghệ, nguồn nhân lực cho các KBTB phát triển bền vững.
Ngoài ra, giải pháp thứ hai là tuyên truyền, nâng cao nhận thức, tăng cường thực thi pháp luật về bảo tồn biển. Cụ thể như huy động các tổ chức xã hội - nghề nghiệp tham gia các hoạt động truyền thông về bảo tồn biển nhằm triển khai công tác vận động, tuyên truyền sâu rộng, từng bước nâng cao nhận thức cho cộng đồng cư dân để người dân chủ động, tự giác tham gia công tác bảo tồn biển, bảo vệ hệ sinh thái biển, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản.
Thêm một vấn đề nữa cần được lưu ý đó là nâng cao năng lực quản lý và phát triển nguồn nhân lực trong bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản. Ví dụ, tổ chức các khóa đào tạo, tập huấn cho đội ngũ cán bộ làm công tác bảo tồn biển từ trung ương đến địa phương; thu hút nguồn lực quốc tế trong hợp tác, chia sẻ kinh nghiệm, đào tạo phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao lĩnh vực bảo tồn biển.
Bên cạnh đó cũng có một vài giải pháp nữa như đa dạng hóa nguồn lực cho bảo tồn biển và tăng cường ứng dụng khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế.